Cette \u00e9tude s’est d\u00e9roul\u00e9e en Allemagne, \u00e0 Munich, ville c\u00e9l\u00e8bre pour avoir tenu les jeux olympiques de 1972 et pour l’oktoberfest<\/s> son club de foot. Le contexte est particulier puisque le 27 janvier 2020, un groupe de malades du Covid-19 (on appelle \u00e7a un cluster) a \u00e9t\u00e9 identifi\u00e9 dans cette ville, et les malades ainsi que leurs proches ont \u00e9t\u00e9 suivis au centre hospitalier gr\u00e2ce \u00e0 la colossale force de tests biologiques disponible dans ce centre hospitalier. Une fois retrac\u00e9s les contacts et identifi\u00e9s les couples contaminant\/contamin\u00e9s, certaines des personnes qui n’avaient pas encore d\u00e9clar\u00e9 les sympt\u00f4mes ont \u00e9t\u00e9 suivies \u00e0 l’h\u00f4pital et des analyses biologiques ont \u00e9t\u00e9 entreprises d\u00e8s la survenue des premiers sympt\u00f4mes, m\u00eame tr\u00e8s l\u00e9gers.<\/p>\n\n\n\n
Des \u00e9chantillons de sang, d’urine, de f\u00e8ces (mani\u00e8re scientifique de dire caca) et des pr\u00e9l\u00e8vements nasaux, oraux et d’expectorations (ce que tu craches quand tu tousses quoi) ont alors \u00e9t\u00e9 r\u00e9alis\u00e9s quotidiennement sur les patients.<\/p>\n\n\n\n
Le c\u0153ur, ce n’est pas tout…<\/h3>\n\n\n\n
A ce stade, je dois expliquer un truc tout simple, mais qu’on ne peut pas deviner… Depuis le d\u00e9but du confinement, les gens se battent pour savoir combien de temps le virus peut rester sur des surfaces inertes. Le d\u00e9lire a commenc\u00e9 apr\u00e8s que le Centre de Contr\u00f4le des Maladies (CDC) des Etats-Unis ait annonc\u00e9 avoir trouv\u00e9 des traces du virus sur un paquebot 17 jours<\/a> apr\u00e8s que les passagers l’aient d\u00e9sert\u00e9. Donc l\u00e0, tout le monde a perdu son slip, a paniqu\u00e9 et s’est mis \u00e0 javeliser son chien<\/a>… Rappelons qu’un bon lavage \u00e0 l’eau et au savon<\/a>, \u00e7a suffit pour tuer le SARS-CoV-2, sur moi, sur vous, vos gosses et vos animaux…<\/p>\n\n\n\n Bon, parlons un peu de cette histoire de d\u00e9tection du virus. Il y a plusieurs fa\u00e7on de d\u00e9tecter le coronavirus, que ce soit chez des patients ou sur une surface. La plus facile, c’est de d\u00e9tecter des composants du virus, et notamment son ARN qui est la partie du virus contenant son information g\u00e9n\u00e9tique et lui permettant de se multiplier dans vos cellules. Il existe notamment une technique, appel\u00e9e la RT-qPCR (on en parlera dans un autre article) qui permet de quantifier le nombre de copies d’un ARN et donc d’estimer le nombre de virus pr\u00e9sents sur une surface ou dans un pr\u00e9l\u00e8vement.<\/p>\n\n\n\n Bon, du coup c’est tr\u00e8s bien, non ?… Imaginons que je vous dote du super-pouvoir le plus claqu\u00e9 de tous les temps : vous pouvez d\u00e9tecter un foie (l’organe) \u00e0 travers les murs. OK. Maintenant, je vous emm\u00e8ne dans une baraque et vous voyez qu’il y a un foie dans la pi\u00e8ce d’\u00e0 c\u00f4t\u00e9… Mais y a-t-il une personne vivante \u00e0 c\u00f4t\u00e9 ? Peut-\u00eatre est-ce votre ado, vautr\u00e9 immobile sur le canap’ entrain de \u00ab\u00a0Snapchat avec ses bros\u00a0\u00bb. Impossible de le savoir. Et la RT-qPCR, c’est pareil. Elle peut dire qu’il se trouve un composant d’un virus \u00e0 un endroit donn\u00e9 \u00e0 un instant donn\u00e9, mais elle ne nous dit pas si le virus est encore infectieux<\/em>. Or c’est \u00e7a qui nous int\u00e9resse !<\/p>\n\n\n\n Alors comment on fait ? Ben comme avec l’ado, on lui file du substrat : on entrouvre la porte de la chambre et on pose un paquet de chips au bacon devant. S’il se jette dessus, il est encore vivant. Sinon, il est possible qu’il n’y ait que son foie, d\u00e9so. Pour le virus, on va simplement le mettre en contact avec des cellules qui sont ses cibles, dans une boite de culture. Si le virus est encore infectieux, il va entrer dans les cellules pour s’y multiplier et on pourra le d\u00e9tecter. Cette technique est donc efficace pour quantifier les virus infectieux, mais elle est plus complexe \u00e0 mettre en oeuvre et demande plus de temps qu’une \u00ab\u00a0simple\u00a0\u00bb RT-qPCR.<\/p>\n\n\n\n Sans surprise, la r\u00e9ponse va \u00eatre en demie-teinte. Le nombre de patients est relativement faible et, surtout, on ne s’int\u00e9resse qu’\u00e0 des cas l\u00e9gers \u00e0 interm\u00e9diaires, pas les cas les plus graves. On prendra des pincettes donc. Oh, et ne paniquez pas si vous voyez des graphiques \u00e9tranges avec pleins de couleurs, tout va bien se passer, on va tout expliquer tr\u00e8s simplement. \ud83d\ude42<\/p>\n\n\n\n Commen\u00e7ons par les r\u00e9sultats de RT-qPCR, c’est \u00e0 dire l\u00e0 o\u00f9 on peut d\u00e9tecter -ou non- la pr\u00e9sence<\/em> du virus, sans savoir s’il reste infectieux<\/em> :<\/p>\n\n\n\n Disons le tout de suite, \u00e7a va parler morve, \u00e7a va parler crachats, \u00e7a va parler bave. Si c’est le genre de sujets qui vous plait bien, vous \u00eates au bon endroit.<\/p>\n\n\n\n Commen\u00e7ons par le d\u00e9but : vous avez tous vu des m\u00e9decins mettre des sortes de coton-tiges bien au fond du nez (le nasopharynx) ou de la gorge des gens qui \u00e9taient test\u00e9s. Sur le graphique ci-dessus \u00e0 gauche, on repr\u00e9sente le nombre de copies de l’ARN du virus (en logarithme base 10, ce qui veut dire que le nombre indiqu\u00e9, c’est le nombre de z\u00e9ro \u00e0 mettre derri\u00e8re le 1; donc 2 c’est 100 copies, 3 c’est 1 000 copies… et 9 c’est 1 000 000 000 copies !) dans les pr\u00e9l\u00e8vements en fonction du jour apr\u00e8s l’apparition des sympt\u00f4mes. En jaune on trouve les pr\u00e9l\u00e8vements r\u00e9alis\u00e9s dans la gorge et en brun ceux du fond du nez. Sans surprise, on d\u00e9tecte la pr\u00e9sence du virus rapidement apr\u00e8s l’apparition des sympt\u00f4mes et il d\u00e9croit au fil du temps jusqu’\u00e0 atteindre la ligne marqu\u00e9e \u00ab\u00a0neg\u00a0\u00bb qui veut dire n\u00e9gatif. Mais, pour certains patients, le virus reste d\u00e9tectable jusqu’au jour 20\/21 alors que les auteurs disent que les sympt\u00f4mes avaient largement diminu\u00e9 \u00e0 la fin de la premi\u00e8re semaine !<\/p>\n\n\n\n De m\u00eame, on retrouve pas mal de copies d’ARN du virus dans les expectorations des patients, comme on peut le voir sur le graphique de droite… Alors les plus curieux d’entre vous peuvent se demander o\u00f9 se multiplie le virus. Se multiplie-t-il dans les voies respiratoires sup\u00e9rieures ET les poumons ? Ou seulement \u00e0 l’un des deux endroits et la respiration transporte les particules virales \u00e0 l’autre place ? Bonne question Billy. Et la r\u00e9ponse est probablement les deux. Pour savoir cela, les chercheur ont utilis\u00e9 une astuce : lorsque le virus se mutliplie, il cr\u00e9e un second type d’ARN, appel\u00e9 ARN subg\u00e9nomique, qui va servir de mod\u00e8le au virus pour se r\u00e9pliquer. Or, il est possible de d\u00e9tecter cet ARN subg\u00e9nomique \u00e9galement par RT-qPCR et donc, uniquement dans les cellules infect\u00e9es. Donc si on le d\u00e9tecte dans un \u00e9chantillon, on peut estimer que le virus a de bonnes chances de se mutiplier dans les cellules \u00e0 cet endroit l\u00e0. Or on l’a retrouv\u00e9 au jour 4\/5 dans le nez et la gorge, et du jour 4 au jour 11 dans les expectorats (c’est la figure 1h de l’article, elle est un peu ardue pour que je l’explique ici celle-ci…). Au d\u00e9but le virus semble donc se multiplier dans les voies a\u00e9riennes sup\u00e9rieures et les poumons et s’attarder plus longtemps dans ces-derniers.<\/p>\n\n\n\n Maintenant qu’on a vu l\u00e0 o\u00f9 on peut d\u00e9tecter l’ARN du virus, voyons l\u00e0 o\u00f9 on peut trouver des virus infectieux ! Pour \u00e7a, on a pris des \u00e9chantillons des expectorats, du nez, de la goge et des f\u00e8ces et on a mis \u00e7a sur des cellules sensibles au virus SARS-CoV-2. Et on a regard\u00e9 si elles se faisaient infecter. Petite aide pour lire les graphiques : les \u00e9chantillons qui ont r\u00e9ussi \u00e0 contaminer la culture de cellule sont au dessus du la ligne noire (pos. culture) et ceux qui n’ont pas r\u00e9ussi sont en dessous (neg. culture). Pour les couleurs, les pr\u00e9l\u00e8vements du nez et de la gorge sont en jaune, les expectorats en orange et les f\u00e8ces en gris. Sur le graphique du haut, on peut voir l’infectiosit\u00e9 en fonction du temps depuis l’apparition des sypt\u00f4mes; sur celui du bas on voit l’infectiosit\u00e9 en fonction du nombre de virus par mL d’expectorat, par \u00e9chantillon de nez\/gorge ou par gramme de f\u00e8ces.<\/p>\n\n\n\n Premier r\u00e9sultat, les virus pr\u00e9sents dans les f\u00e8ces ne semblent pas \u00eatre infectieux, quelque soit la quantit\u00e9 de virus pr\u00e9sente (ce n’est pas une raison pour ne pas se laver les mains apr\u00e8s avoir fait popo Kilian).<\/p>\n\n\n\n Par contre, on voit qu’on peut trouver des virus fonctionnels dans la gorge et le nez au jour 3\/4 et dans les expectorats du jour 3 au jour 8. Tu comprends l\u00e0, pourquoi tu dois tousser dans ton coude ? Si on regarde le graphique du dessous, on voit ce qu’on pouvait intuitivement attendre : plus le nombre de virus dans les expectorats ou le nez\/la gorge est \u00e9lev\u00e9, plus l’\u00e9chantillon semble infectieux.<\/p>\n\n\n\n Les auteurs de l’\u00e9tude ont \u00e9galement mod\u00e9lis\u00e9 la probabilit\u00e9 qu’un expectorat soit contagieux en fonction du temps pass\u00e9 depuis l’apparition des sympt\u00f4mes du Covid-19. Globalement, au d\u00e9but de la maladie, tous les expectorats sont contagieux et la contagiosit\u00e9 diminue avec le temps. Seule la moiti\u00e9 peut contaminer la culture de cellules apr\u00e8s 1 semaine et l’infectiosit\u00e9 d\u00e9croit jusqu’au jour 10 environ. A noter que la courbe noire est l’estimation et les deux courbes en pointill\u00e9s sont \u00ab\u00a0l’intervalle de confiance de 95%\u00a0\u00bb, c’est \u00e0 dire la zone o\u00f9 est on est s\u00fbrs \u00e0 95% que se trouve la proportion d’expectorats \u00e0 un temps donn\u00e9… Autrement dit, on estime que la contagion s’arr\u00eate vers jour 10, mais cela pourrait bien durer quelques jours de plus.<\/p>\n\n\n\n Du point de vue des \u00e9chantillons plut\u00f4t s\u00fbrs : les \u00e9tudes semblent indiquer que le virus n’est pas d\u00e9tect\u00e9 dans les urines (ce qui n’est, \u00e9videmment, pas une raison pour pisser contre les murs quand t’es bourr\u00e9, n’est-ce pas Kilian ?). La pr\u00e9sence du virus dans le sang, aussi appel\u00e9e vir\u00e9mie, semble \u00e9galement \u00eatre un ph\u00e9nom\u00e8ne rare retrouv\u00e9 chez un nombre faible de patients et, contrairement \u00e0 ce qu’on pourrait croire, \u00e7a ne semble pas associ\u00e9 avec la gravit\u00e9 de la maladie.<\/p>\n\n\n\n La question est complexe. Peu de cas de personnes infect\u00e9es plusieurs fois avec le SARS-CoV-2 ont \u00e9t\u00e9 rapport\u00e9s. Toutefois, les auteurs de plusieurs \u00e9tudes montrent l’apparition d’anticorps se fixant sur le SARS-CoV-2, le virus causant le Covid-19.<\/p>\n\n\n\n Alors, on peut voir qu’effectivement, les patients sembler monter une r\u00e9action immunitaire contre le SARS-CoV-2, puisqu’on peut voir qu’\u00e0 jour 7, 50% des patients ont des anticorps contre le virus et tout le monde en a au jour 14. Plut\u00f4t une bonne nouvelle non ? Oui. Mais il nous manque une donn\u00e9e… Il existe plusieurs types d’anticorps (on en discutera un jour dans un article) qui ont diff\u00e9rentes capacit\u00e9s. Pour l’instant, retenez juste que ces types d’anticorps, on les appelle Ig (pour immunoglobuline, le nom scientifique des anticorps) et une lettre… IgA, IgD, IgG, IgM… Non, les IgB et IgC n’existent pas, on est biologistes, pas profs de fran\u00e7ais.<\/p>\n\n\n\n Dans cet article, les auteurs se penchent principalement sur les IgM et les IgG. Les IgM sont les premiers anticorps qui apparaissent contre un microbe, si on en a beaucoup contre un virus ou une bact\u00e9rie, c’est qu’on l’a rencontr\u00e9 r\u00e9cemment, du coup normal qu’on en trouve dans ces \u00e9tudes. Les IgG sont des anticorps plus polyvalents et surtout plus \u00ab\u00a0travaill\u00e9s\u00a0\u00bb car, contrairement aux IgM, le syst\u00e8me immuitaire met du temps pour les peaufiner afin qu’ils reconnaissent au mieux le microbe. On les retrouve dans l’organisme, dans le sang, dans les tissus etc… Mais du coup… Si le virus est dans les poumons et dans le nez\/la gorge, ils peuvent y aller ces anticorps ? Sinon ils vont pas emp\u00eacher le virus de s’y multiplier ! Heeeeeu, la r\u00e9ponse n’est pas clairement \u00e9tablie mais plut\u00f4t pas non. Les anticorps dont la sp\u00e9cialit\u00e9 est d’\u00eatre \u00ab\u00a0excr\u00e9t\u00e9e\u00a0\u00bb, et donc largu\u00e9e en dehors de l’organisme dans la bouche ou le nez, mais aussi dans le lait maternel ou les intestins, ce sont les IgA. Et il semble aussi d’apr\u00e8s une \u00e9tude pas encore publi\u00e9e<\/a> que les patients produisent \u00e9galement des IgA qui pourraient \u00e9ventuellement \u00eatre excr\u00e9t\u00e9es dans dans le nez et la gorge pour pr\u00e9venir les futures infections. Affaire \u00e0 suivre donc !<\/p>\n\n\n\n Les patients souffrant du Covid-19 diss\u00e9minent pas mal de virus dans la premi\u00e8re semaine o\u00f9 les sympt\u00f4mes apparaissent et notamment leurs expectorations semblent tr\u00e8s contagieuses (le coude j’vous dis, et lavez-vous les mains !). Les donn\u00e9es sugg\u00e8rent que les patients peuvent continuer \u00e0 diss\u00e9miner des virus \u00ab\u00a0vivants\u00a0\u00bb m\u00eame dans la seconde semaine apr\u00e8s l’apparition des sympt\u00f4mes, malgr\u00e9 le fait qu’ils aillent cliniquement mieux. <\/p>\n\n\n\n Donc, m\u00eame une fois le confinement lev\u00e9, si vous pensez que vous avez \u00e9t\u00e9 malades r\u00e9cemment, attendez un peu avant d’aller rendre visite \u00e0 des personnes \u00e0 risque. \ud83d\ude42<\/p>\n\n\n\n NB : Aucun Kilian n’a \u00e9t\u00e9 maltrait\u00e9 pendant la r\u00e9daction de cet article.<\/p>\n\n\n\n <\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":" Bonjour \u00e0 tous. \ud83d\ude42 Voil\u00e0 maintenant plus ou moins deux semaines que nous sommes tous confin\u00e9s. Une situation \u00e9motionnellement difficile pour beaucoup de gens, mais qui peut \u00eatre critique pour les personnes d\u00e9pendantes, comme les personnes d’\u00e2ge avanc\u00e9. 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Est-ce que je serai immunis\u00e9 apr\u00e8s avoir eu le Covid-19 ?<\/h3>\n\n\n\n
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Conclusion !<\/h3>\n\n\n\n
R\u00e9ferences :<\/h3>\n\n\n\n