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[Debunk] Le SARS-CoV-2 contient des séquences du VIH

Bonjour à toutes et à tous. 🙂

Il ne se passe pas un jour sans que le coronavirus SARS-CoV-2 n’agite la toile et les médias. Aujourd’hui, c’est un Prix Nobel de Médecine et Physiologie qui « lance un pavé dans la mare », en clamant haut et fort sur plusieurs médias que le coronavirus qui cause actuellement une pandémie mondiale a été modifié en laboratoire et contient des gènes originaires du VIH, afin de le rendre plus dangereux encore (Addendum: on me souffle que Luc Montagnier suggérait que c’était au cours du processus de fabrication d’un vaccin, mea culpa si j’ai mal interprété ses propos). En bon scientifiques qui se respectent, vérifions ces propos avant de donner notre avis dessus… Sait-on jamais, il est Prix Nobel non ?

Je vous le dis, cet article sera bien plus court qu’à l’accoutumée. Par ailleurs, il se concentrera exclusivement sur cette assertion que le coronavirus actuel contient des séquences issues du VIH et ne s’intéressera pas à ce qui a pu être dit sur l’électromagnétisme pour guérir le Covid-19.

Le coronavirus SARS-CoV-2 et le VIH

Le SARS-CoV-2 vu par microscopie électronique à transmission. Crédits : NIAID

Je ne vais pas vous faire une description exhaustive du coronavirus SARS-CoV-2. C’est un membre de la grande famille des coronavirus, il a émergé fin 2019 à Wuhan, en Chine, et qui a causé la pandémie mondiale de Covid-19. Les coronavirus forment une famille de virus dite « à ARN positif » car leur matériel génétique est constitué d’ARN et non pas d’ADN. Il est dit positif car la machinerie cellulaire de fabrication des protéines de son hôte (nous par exemple) va directement utiliser l’ARN du virus pour fabriquer des protéines.

Le virus de l’immunodéficience humain (VIH) est à l’origine de la pandémie mondiale de Syndrome de l’ImmunoDéficience Acquise, ou SIDA. Il a été identifié dans les années 80 par plusieurs équipes au niveau international, dont celle du Professeur Luc Montagnier. Ce virus, bien qu’il soit lui aussi à ARN positif, est de la famille des rétrovirus. Contrairement aux coronavirus, les rétrovirus vont recopier leur ARN sous forme d’ADN et l’encastrer dans le génome de leur hôte, au sein des cellules infectées. Ce sont deux virus de familles très éloignées et dont les cycles viraux sont également très différents. Il existe d’ailleurs deux types de virus du VIH appelés respectivement VIH-1 et VIH-2 et qui sont passés de l’animal à l’homme à deux moments différents (1). Le VIH-1 est le plus répandu et un de ses sous-groupes est responsable de la majorité de la pandémie du SIDA. Le VIH-2 est plus limité géographiquement aux pays africains ou ayant des liens étroits avec l’Afrique (comme le Portugal et la France). D’évolution plus lente, il pose toutefois des problèmes car il présente plus de résistances aux traitements utilisés dans le cadre du SIDA.

Les séquences génétiques du SARS-CoV-2 et du VIH

Les séquences génétiques du VIH sont connues depuis de nombreuses années et celles du SARS-CoV-2 ont été obtenues rapidement après la découverte du pathogène, début janvier. Toutes les deux sont donc disponibles sur Pubmed, la plateforme du NIH. aussi, je vous propose qu’on aille y faire un tour pour vérifier les dires de monsieur Montagnier.

Commençons par trouver les séquences de génomes complets que l’on souhaite comparer…

Bon, les séquences sont disponibles en bas de chaque page (les ATCG sans fin là), mais comme le génome du VIH fait 10 000 nucléotides de long et celui du coronavirus en fait 30 000, j’ai beaucoup de bonne volonté, mais on va pas s’amuser à tout comparer à la main hein… Si votre confinement est VRAIMENT trop long, ma foi, amusez-vous.

Moi, je vais utiliser un outils magique qui s’appelle BLAST (pour Basic Local Alignment Search Tool). En gros, on lui donne une séquence et il cherche les points communs entre les deux séquences. Parfait pour ce que l’on cherche ! Comme ce sont des acides nucléiques (de l’ARN en l’occurrence), je vais réaliser un BLASTn pour essayer de comparer mes 3 séquences. Je vais choisir l’algorithme qui me permet de trouver le maximum de similarités entre mes séquences, même si elles sont très différentes les unes des autres. Et je lance l’analyse… SUSPENSE !

Cinq secondes plus tard, voici le résultat :

Résultat du BLASTn entre le SARS-CoV2 et le VIH-1 et le VIH-2.

Croyez-le ou non, mais l’algorithme a effectivement trouvé des séquences communes entre le SARS-CoV-2 et les VIH ! C’est donc vrai ? C’est une machination, un virus créé par l’homme ? La ressemblance entre les séquences s’étale sur une longue approximative de… 0% de la taille des séquences (le carré rouge). Comment est-ce possible ?! Regardons le détail des alignements.

Alignements d’un BLASTn entre le HIV-2 et le SARS-CoV-2

Voici le résultat pour l’alignement avec le VIH-2. On voit que les nucléotides identiques sont mis l’un en face de l’autre. L’algorithme à trouvé deux endroits où ces séquences peuvent se ressembler. Il y a quelques points à soulever :

  • Le premier endroit où il y a une séquence qui se ressemble fait… 21 nucléotides de long (1 sur la photo). Et encore, dedans il faut remplacer deux nucléotides pour que ça se ressemble. Rappelons que les génomes de ces virus sont longs de dizaines de milliers de paires de bases hein…
  • On remarque un second endroit long de 14 nucléotides lui (2). C’est déjà pas bien long, mais en plus ce n’est pas sur le brin en lui même qu’existe cette ressemblance, comme le montre le point 3 sur la photo : c’est seulement si on fait le brin complémentaire (donc les A deviennent des T, les C deviennent des G…) qu’on retrouve cette ressemblance…

Je pense qu’on peut classer cette ressemblance entre le SARS-CoV-2 et le VIH-2 parmi les « pas convaincantes« . Quid du VIH-1 ?

Alignements d’un BLASTn entre le HIV-1 et le SARS-CoV-2

Première constatation, deux des alignements se font entre les brins que j’ai donnés (Strand Plus/Plus) et deux entre un brin que j’ai donné et un brin complémentaire (Strand Plus/Minus)… Et dans les deux cas, on se retrouve de nouveau avec des aliments de 14 à 29 nucléotides (avec des mutations au milieu). Toujours pas convaincant.

Soyons rigoureux dans notre paranoïa

Bon, à ce stade là, on a déjà montré que la séquence génétique du SARS-CoV-2 ne contient pas de séquences du VIH. Mais soyons un peu tordus. Il est possible que plusieurs séquences génétiques différentes aboutissent à la même chaîne d’acides aminés et donc à la même protéine.

Donc, comme nous sommes des gens qui allons au bout des choses, je vais comparer les séquences des acides aminés des protéines des VIH-1/VIH-2 et celles du SARS-CoV-2. Je vais réaliser ce qu’on appelle un BLASTp en mettant comme un bâtard les séquences des différentes protéines dedans. Ces séquences dites codantes (CDS) sont situées dans les pages de Pubmed que je vous ai données plus haut. Le tableau des références utilisées est situé en annexe ci-dessous. 🙂

Du coup ? trouve-t-on des alignements protéiques entre les protéines du SARS-CoV-2 et du VIH ? Oui. On en trouve 162 ! Finalement, est-ce là la preuve que ce virus a bien été modifié pour coder des protéines du VIH ? C’est pas si simple…

Un peu comme on l’a vu avec les gènes plus haut, ce n’est pas parce qu’on trouve un alignement possible que cet alignement signifie quoi que ce soit. Et 162 alignements sur 38 x 33 = 1 254 comparaisons… C’est peut-être du bruit de fond. Pour vérifier cela, je vais regarder deux choses : la longueur des alignements trouvés et le pourcentage d’identité (c’est à dire à quel point ces alignements sont identiques).

Premièrement, constatons que la majorité des alignements trouvés sont plutôt courts, avec des séquences ressemblantes de quelques dizaines d’acides aminés de long tout au plus. Mais il y a des séquences très longues ! Quid du pourcentage d’identité ?

Bon, non seulement les alignements ne sont (pour la plupart) pas très longs, mais en plus, le pourcentage d’identité est bas (voire tout pourri), moins de 50% d’identité pour la vaste majorité des alignements… C’est un peu comme les alignements qu’on avait trouvé au niveau des séquences nucléiques : l’algorithme a dit qu’ils se ressemblent un peu parce… Ben c’est comme le dessin de ton gosse quoi : « Papa il a 2 jambes et 2 bras » mais s’il ne t’avait pas dit que c’était papa, tu l’aurais pas deviné. Mais on remarque qu’il y en a qui sont vachement élevés ! Avec plus de 60% voire 100% !

Mais… est-ce que c’est parce que les séquences qui ont une identité élevée sont très courtes ? Genre les deux virus ont une protéine avec 4 acides aminés pareil à un endroit ou un autre ? Et celles qui sont longues ont des identités plutôt basses ?

Ben oui. C’est exactement ça. On a des séquences très courtes d’acides aminés qui se ressemblent pas mal, mais plus ça devient long et moins ça se ressemble. Ce sont des faux-positifs, du bruit de fond. Genre la photo ci-dessous où une séquence longue de 16 acides aminés a 38% d’identité… un peu pour rien (les espaces blancs et les + marquent des acides aminés différents).

Exemple d’un des alignements long de 16 acides aminés avec 38% d’identité

La séquence protéique la plus longue (183 acides aminés) entre les deux virus trouve une ressemblance entre une enzyme du VIH appelée polymérase, qui transcrit un brin d’acides nucléiques complémentaire à un brin qu’on lui donne. Toujours sur le même principe de mettre un A en face d’un T, un C en face d’un G et vice-versa. Le BLASTp trouve qu’une enzyme du SARS-CoV-2 ressemble beaucoup à cette polymérase du VIH, et cette enzyme s’appelle Nsp3 (pour protéine multi-domaine non-structurelle 3). Cette enzyme est essentielle pour la réplication du virus… On peut supposer qu’elle code pour une enzyme qui a une fonction de polymérase aussi. Et elle n’a que 24% d’identité avec celle du VIH.

Alignement entre une polymérase du VIH et Nsp3 du SARS-CoV-2

Conclusions

Ne sur-interprétons pas nos données. Nous ne pouvons pas conclure ici quant au fait que ce virus ait, ou non, été manipulé en laboratoire, voire modifié pour le rendre plus virulent.

Par contre, très clairement, on ne trouve ni la séquence génétique du VIH dans celle du SARS-CoV-2, ni des ressemblances fortes entre les protéines de ces deux virus. Il est donc largement improbable que quiconque ait modifié le SARS-CoV-2 pour y intégrer des protéines du virus causant le SIDA.

Annexes

Référence 1 : https://cns.sante.fr/wp-content/uploads/2017/01/experts-vih_diversite.pdf

Tableau des protéines comparées :

Références des protéines du SARS-CoV-2Références des protéines du VIH-1/2
YP_009724389.1NP_663784.1
YP_009725297.1NP_056837.1
YP_009725298.1NP_056839.1
YP_009725299.1NP_056840.1
YP_009725300.1NP_056841.1
YP_009725301.1NP_056842.1
YP_009725302.1NP_056843.1
YP_009725303.1NP_056844.1
YP_009725304.1NP_056845.1
YP_009725305.1NP_057849.4
YP_009725306.1NP_787043.1
YP_009725307.1NP_789740.1
YP_009725308.1NP_705926.1
YP_009725309.1NP_705927.1
YP_009725310.1NP_789739.1
YP_009725311.1NP_705928.1
YP_009725295.1NP_057850.1
YP_009742608.1NP_579876.2
YP_009742609.1NP_579880.1
YP_009742610.1NP_579882.1
YP_009742611.1NP_579881.1
YP_009742612.1NP_787042.1
YP_009742613.1NP_579883.1
YP_009742614.1NP_057851.1
YP_009742615.1NP_057852.2
YP_009742616.1NP_057853.1
YP_009742617.1NP_057854.1
YP_009725312.1NP_057855.1
YP_009724390.1NP_057856.1
YP_009724391.1NP_579893.2
YP_009724392.1NP_579894.2
YP_009724393.1NP_579895.1
YP_009724394.1NP_057857.2
YP_009724395.1
YP_009725318.1
YP_009724396.1
YP_009724397.2
YP_009725255.1
Tableau contenant les références des séquences protéiques du SARS-CoV-2 et du VIH-1/2
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78 thoughts on “[Debunk] Le SARS-CoV-2 contient des séquences du VIH

  1. C’est fou d’avoir une répartie et une argumentation qui s’arrête à: « pas convaincant ». Pas mal de conclusions hâtives dans cet article, qui ne font du bien à personne.

    1. Bonjour Vander. 🙂
      Merci d’avoir donné votre point de vue. Toutefois je vous invite à ne pas lire seulement les parties en gras, mais bien les parties concernant les alignements où mon argumentaire est développé. Le clonage d’une séquence nucléotidique du VIH dans le SARS-CoV-2 n’a pas eu lieu : on ne retrouve pas de séquence commune de plus de quelques nucléotides de long entre les deux virus.
      Pour ce qui est d’avoir ajouté des séquences modifiées pour aboutir aux mêmes acides aminés, cela semble au mieux largement improbable puisque même en regardant la séquence peptidique des protéines, on ne retrouve pas de séquences hautement semblables.

    2. Pourtant c’est même moins que « pas convaincant ». ça n’a simplement aucun sens. Ce qu’on peut ajouter à cet article plutôt bien fait, c’est que Montagné ayant travaillé sur le Hiv, il a tout naturellement utilisé la séquence du hiv pour comparaison. Mais ces Blast/Fasta permettent aussi de choisir ses banques de séquences. Vous pouvez par exemple choir « tous les génomes » et avec un peu de chance vous obtiendrez des homologies très fortes avec des séquences de tortue, de lapin ou de la levure de boulanger…
      Si vous cochez « hiv » évidemment vous « forcez » l’algorythme à ne comparer qu’avec le hiv. Un specialiste de la rougeole aurait probablement cherché dans ce virus et trouvé des petites homologies similaires et qui n’ont aucun intérêt. Il y a une différence entre travailler sur un virus de la chauve-souris et le relâcher par erreur, ce qui peut à la limite se concevoir (encore que dans un labo P4 c’est quand même pas de chance! et de toute façon on ne le saura jamais) et imaginer des manipulation qui n’ont pas existé

      1. Juste pour info Robert, Montagné, c’est Gilbert le chanteur mal voyant, et le professeur c’est Montagnier.
        Mais je vous accorde que les noms propres n’ont pas d’orthographe.

      2. Justement je me disais que ça aurait été intéressant de voir ce que ça donne avec d’autres virus dont la séquence est disponible. Une bonne façon de voir si les points communs avec le VIH sont significatifs ou pas, non? (je ne veux pas dire par là que les arguments donnés ici ne sont pas intéressants et convaincants aussi, je trouve juste que ça manque d’une ou plusieurs comparaisons « témoin » en quelque sorte)

        1. Bonsoir Lucie. 🙂

          Je ne sais pas précisément de quelle séquence vous parlez. Dans le doute, :
          – La protéine qui une séquence présentant une similarité avec la protéine du VIH-2 présente également une similarité de séquence avec une protéine du virus de l’hépatite murine (des souris), une protéine d’un virus classique de la gastroentérite, une protéine du virus de l’épidémie de diarrhée porcine… (sur une longueur de plus de 400 acides aminés et avec une identité de 25 à 30%).
          – Si vous parlez de la séquence nucléotidique, j’ai fait une analyse rapide et voici un exemple de virus qui ressortent avec des couvertures semblables à celles retrouvées avec le HIV : des torovirus, des picornavirus, des astrovirus…
          https://bioweb.blog/wp-content/uploads/2020/04/autres-virus-blast-scaled.jpg

          1. Merci beaucoup pour ces précisions ! Je ne pensais à aucune séquence en particulier, simplement à faire le même type de comparaisons (sur le génome complet) que celles que vous avez faites en premier lieu dans votre article, mais avec d’autres virus que le VIH. Pour mettre en valeur le fait que retrouver des séquences communes entre plusieurs virus est banal et pas particulièrement significatif.

  2. Merci beaucoup pour cet article détaillé, accessible et intelligent !
    J’espère qu’il aidera certaines personnes à y voir plus clair… (même si pour ça, il vaudrait mieux qu’elles lisent l’article en entier).
    Bonne continuation et bon courage !

  3. Une info sortie d’un blog tenu par un soi-didant « expert » au seul bemol qu’il n’est pas virologue… Ce n’est pas parce qu’il contient 1 séquence voire plusieurs, que cela en fait un dérivé du VIH ou que sais-je. Il y a autant rapport entre le VIH et Covid-19 qu’entre une souris et une baleine, et encore.

    1. C’est écrit « [Debunk] », c’est à dire : on va montrer que ceci est faux. Si vous aviez lu l’article, vous l’auriez remarqué…

    1. En lisant l’article j’ai eu une impression bizarre. Le style n’est pas habituel pour un article scientifique (insertion d’opinion, de phrases choques, abus des majuscules et des points d’exclamation). Je ne vois pas comment une revue à comité de lecture aurait pu laisser passer un tel article, rien qu’à cause de la forme.

      Du coup j’ai recherché sur Google le nom de la revue et je l’ai trouvé sur une liste de « Fake Predatory or Bogus Journals ». En gros des sites qui vampirisent les articles sérieux en libre accès et acceptent un peu n’importe quoi par ailleurs.

      En continuant j’ai trouvé l’analyse fait par « Le Point » :
      https://www.lepoint.fr/sante/le-virus-du-sars-cov-2-a-t-il-ete-cree-par-l-homme-tous-les-elements-pour-en-juger-18-04-2020-2371937_40.php

      Et ce passage a confirmé mes impressions :
      « Nous avons demandé à Éric Leroy, spécialiste de la virologie tropicale à l’IRD, ce qu’il faut penser de la revue indienne en ligne International Journal of Research Granthaalayah. Sa réponse est nette : « Le journal en question n’est pas référencé dans la base internationale des revues scientifiques. La publication de ce Perez n’a donc pas été lue et jugée par ses pairs. » Et d’ajouter qu’elle n’a pas du tout été écrite « dans le format classique et habituel ». »

  4. Une question bête
    Le séquençage du COVID19 serait il différents si la théorie du professeur Celon laquel il muterai en perdant la trace du VIH
    Et la référence initial de votre comparaison provient elle de la souche initiale ?

    1. Décembre 2019 dans sa source.

      Ce sont normalement les résultats qui ont été transmis à l’OMS de par ce fameux labo a quelques kilomètres de Wuhan qui à séquencé le génome de ce virus (encore inconnu) dès le 30 Déc si mes souvenirs sont exacts.

      1. J’avais fait la même analyse de comparaison des séquences, et on trouve des dizaines de séquences sur les portails scientifiques dédiés, puisque des dizaines de labos autour du monde ont séquencé le génome ^^ Pour le coup, il n’y a aucun risque de manipulation par le labo de Wuhan.

    2. Bonjour Manuel 🙂
      Comme le dit Milas, il s’agit effectivement de la souche d’origine de Wuhan qui y a été séquencée au début de l’épidémie.

  5. Vous m’avez l’air d’un expert en la matière, je me permet donc de vous poser quelques questions !

    Normalement pour faire de telles modifications, on utilise des ciseaux génétique type Crispr-Cas9.
    Est ce que ces ciseaux laissent des traces ?
    Combien en existe t il d’autre ?
    Est il possible qu’un labo utilise un ciseau inconnu du monde scientifique ?

    1. Il existe plusieurs outils de génie génétiques qui jouent un rôle semblable au système CRISPR-Cas9. Globalement, ces ciseaux ne servent qu’à couper une séquence d’acides nucléiques pour faciliter la modification de cette séquence par les chercheurs.
      Si on dispose de la séquence de départ et de la séquence d’arrivée, il est possible que l’on puisse deviner que ces outils ont été utilisés. Mais là, il ne nous serait pas possible de détecter une mutation induite par un ciseau moléculaire d’une mutation aléatoire qui se serait produite dans le virus.

  6. C’est courant cette une telle fin…
    29821 tttagtagtg ctatccccat gtgattttaa tagcttctta ggagaatgac aaaaaaaaaa
    29881 aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaa

  7. un scientifique sur une chaîne de télévision a laissé échappé le mot prion tout en continuant son discours sans
    rectifié quand est-il ?

    1. Un prion est une protéine qui est en quelque sorte mal formée, une protéine défectueuse si vous voulez. Il faudrait avoir le contexte de la phrase pour pouvoir vous en dire plus.

  8. Joli article!

    Mais ne vaut-il pas mieux mettre la conclusion à retenir directement dans le titre de l’article? Pour que les gens qui ne verront que le titre n’aient pas une perception aggravée du nombre de sources soutenant l’affirmation de départ?
    D’autant que, dans la vignette de l’article partagé sur les réseaux, la mention debunk n’apparaît pas!

    1. Bonjour Oberric. 🙂

      Je plaide coupable. Le titre trompeur, voire putaclic, est assez volontaire. En effet, les articles faits ainsi disposent d’une audience plus large que les autres (mes deux articles les plus lus sont celui-ci et « Gardasil cause le cancer »).
      Par ailleurs, le but était que les gens qui voulaient voir leur point de vue confirmé cliquent, lisent…

      Je vais tenter de modifier la miniature de Facebook pour inclure « Debunk ». 🙂
      Merci de votre commentaire !

  9. Bonjour Pierre,
    J’ai lu avec attention votre article, qui me paraît bien construit, détaillé et il est vrai clair et simple à comprendre, ce jusqu’à votre conclusion, qui l’est un peu moins.
    En effet dans la première partie de celle-ci vous expliquez qu’on ne peut ni confirmer, ni infirmer que ce coronavirus a été manipulé par l’homme, alors que dans la seconde partie vous affirmez qu’il n’y a aucune correspondance entre le covid19 et le VIH…
    Clairement vous affirmez que le Professeur Montagnier prix Nobel de médecine pour sa découverte, entre autre du génome du VIH, s’est trompé.
    Je veux vous croire tellement votre article est lisible, mais pour cela pourriez-vous nous renseigner quant à vos titres en médecine, ou vos recherches publiées sur le sujet ?
    Vous remerciant par avance d’apporter quelques éclaircissements à ses questions qui interreseront l’ensemble de la toile.
    Cordialement

    1. Seulement, en sciences un argument d’autorité ne fonctionne pas… On ne s’intéresse pas au passé de la personne, mais à ses résultats.
      En l’occurrence les résultats du professeur Montagnier ne tiennent pas la route, et un tour sur sa page Wikipedia vous apprendra qu’il ne pas si digne de confiance que cela…

          1. Bonjour Juliette, avez-vous lu l’étude de Jean-Pierre Perez publiée ici et datant de février 2020 ?
            https://zenodo.org/record/3724003#.XpsYcC3pPOT
            La méthode utilisée par Pierre semble la même que celle de Jean-Pierre Perez (voir p. 313 à 316 de l’étude).
            Les schémas (figure 49 et 50, p. 319 et p. 320) indiquent les emplacements où auraient été insérés les séquences des différents VIH.

          2. Bonjour,

            J’ai ouvert le lien vers votre article, toutefois je tombe sur un pdf de 40 pages, je ne vois donc pas trop où se trouvent les passages que vous voulez que je lise.
            J’ai néanmoins lu l’abstract, et pu constater qu’il ne faisait pas preuve de la retenue attendue dans ce genre de papier, parlant de preuve formelle alors qu’en sciences, on n’emploie jamais ce terme…
            Je ne suis moi-même pas une experte, je laisse donc les experts rendre leur jugement, qui est qu’il est hautement improbable que le SARS-Cov-2 ait été synthétisé par l’homme à partir du VIH. Où voulez-vous donc en venir en me partageant votre étude ?

    2. Bonjour Arnaud. 🙂

      Effectivement, je ne sais pas si ce virus a été manipulé par l’homme. Rien ne me permet, dans cette analyse, d’y répondre d’une manière ou d’une autre. Toutefois, je ne trouve pas de séquence probante du VIH dans celle du SARS-CoV-2.
      Et si le Pr Montagnier a affirmé cela, oui, je pense qu’il s’est fourvoyé.
      Par ailleurs, l’étude indienne citée par Luc Montagnier (https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.01.30.927871v1) a été rétractée par ses auteurs qui, après avoir reçu l’opinion des membres de la communauté scientifique, estiment que leur métodologie n’est pas satisfaisante et vont pousser l’étude plus avant.

      Je ne souhaite pas communiquer mon niveau d’étude ou mon niveau de spécialisation sur le sujet. Mon but ici n’est pas de faire un argument d’autorité, puisque c’est ce que je reproche au Professeur Montagnier dans ses déclarations médiatiques. Je vous ai simpement apporté des analyses factuelles quand à la comparaison des séquences des deux virus (chose que Luc Montagnier n’a pas fait, peut-être parce que les médias s’y prêtaient peu) ainsi que mon interprétation de ces résultats.
      Libre à vous de vous forger votre opinion. 🙂

    1. Bonjour Bruno. 🙂

      Je suis allé voir les séquences que Jean-Pierre Perez a aligné avec des séquences du VIH. Il a dû changer pour chaque séquence de souche du HIV pour réussir à trouver toutes ces similitudes.
      Moi j’ai réussi à toutes les aligner chez une souche de coronavirus de la chauve-souris. Le plus probable ait certaienement que le SARS-CoV-2 ait donc bien évolué depuis la famille des coronavirus, puisque les séquences en question sont présentes chez des cousins du SARS-CoV-2 trouvés chez des animaux. En l’occurence, j’ai utilisé une souche trouvée chez une chauve-souris et séquencée en 2020.

      J’ai uploadé cet alignement ici : https://bioweb.blog/wp-content/uploads/2020/04/sarscov2-batratg13-align.jpg
      La séquence génétique de ce coronavirus est ici : https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucleotide/MN996532.1?report=genbank&log$=nuclalign&blast_rank=1&RID=9PAN676R016

        1. J’ai bien utilisé la séquence encadrée par Jean-Claude Perez. Ces séquences sont situées très proches les unes des autres chez d’autres coronavirus également. Chez le pangolin, on retrouve également 5 de ces 6 séquences extrêmement bien conservées. La sixième est présente mais a un peu plus muté avec seulement 60% d’identité par rapport au SARS-CoV-2.
          Et oui, je peux aligner les séquences entre RATG13 et les différentes souches du HIV. Je veux dire que je dois changer les souches du HIV pour retrouver les séquences, alors que chez les coronavirus elles sont déjà toutes là. 🙂

          1. Montagnier et Perez ne peuvent pas ignorer que l’on retrouve les 6 séquences dans les autres coronavirus… Vous confirmez trouver ailleurs ces 6 séquences ?

          2. On ne retrouve pas ces séquences exactes dans tous les coronavirus. Comme bien des parties de ce génome de 30 000 nucléotide, ces parties changent. Mais vous voyez bien qu’elles sont présentes dans le coronavirus RaTG13 en tout cas. 🙂

  10. Bonjour,
    Comment vous expliquez les conclusions obtenues par le Professeur Montaigner ? Selon vous, la méthodologie qu’il adopté comporte t-elle des lacunes qui ne permettent pas d’aboutir à des résultats concrets ?

    1. Bonjour Mostafa. 🙂
      Je pense que le Professeur Montagnier est une personne très occupée. Il aura probablement lu l’abstract de deux articles qui ont annoncé avoir « prouvé » que le SARS-CoV-2 contient des séquences du VIH et, par manque de temps peut-être, il n’a pas eu la rigueur de vérifier les conclusions de ces articles par lui-même.
      Il n’a, à ma connaissance, pas publié lui-même sur ce sujet, donc je n’ai pas la preuve qu’il dispose de données autres que celles de la littérature. Par ailleurs il a annoncé se baser sur une étude indienne, peut-être celle-ci (https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.01.30.927871v1) qui a été retirée par les auteurs car leur méthodologie était insuffisante.

      1. Car article explique comment se sont passées les choses :
        https://www.20minutes.fr/sante/2762791-20200417-non-coronavirus-cree-partir-vih-contrairement-affirme-professeur-luc-montagnier

        … Le docteur Gérard Guillaume, médecin spécialisé en rhumatologie, nous explique comment le professeur en est venu à partager sa théorie dans « Pourquoi docteur » : « Je travaille avec le professeur Luc Montagnier depuis dix ans, je fais partie de son groupe de travail informel constitué d’une quinzaine de médecins de disciplines différentes, dont l’ambition est de réfléchir – en étudiant de la littérature scientifique notamment – sur les infections froides et leur rôle dans les maladies chroniques. »

        « Nous sommes au courant de son travail sur le coronavirus depuis mars : il a réalisé 88 séquençages de génomes et a trouvé la séquence du VIH 87 fois. Lors d’une réunion de travail en visioconférence, le 11 avril, le professeur Montagnier nous a fait part de ses dernières avancées sur le virus et je lui ai dit « Comment se fait-il que vous soyez tout seul sur ce sujet ? », avant de lui dire que son devoir était de parler aux médias s’ils ne venaient pas à lui. J’ai donc contacté Jean-François Lemoine, qui m’avait interviewé il y quelques années », poursuit Gérard Guillaume, en précisant : « Le professeur Montagnier s’attendait à subir des tirs de missile pour avoir partagé sa théorie mais il m’a dit : « J’ai 87 ans, mon avenir est derrière moi, je ne crains rien » ».

        De son côté, Jean-Claude Perez, l’ami mathématicien cité par Luc Montagnier comme co-auteur de l’étude, nous explique étudier « depuis trente ans la biomathématique de l’ADN », après avoir travaillé en tant que « chercheur à IBM ». « On travaillait avec Luc Montagnier depuis août sur d’autres sujets, et on s’est penchés sur le coronavirus après son apparition. Grâce à un outil dont je dispose pour vérifier les génomes, nous nous sommes penchés sur celui-ci et nous avons découvert qu’il évoluait beaucoup par rapport aux précédents SARS. Puis nous sommes tombés sur la publication d’un Américain, sur le Web, qui affirmait qu’une région du SARS-CoV-2 ne se retrouvait pas dans les autres SARS et en l’enlevant on augmentait son intégrité au lieu de la réduire », affirme-t-il.

        Une étude complète « bientôt publiée »
        « On a ensuite trouvé dans cette région-là trois morceaux d’HIV-1 tout petits, puis six et nous avons publié un article pré-print – sans validation d’autres scientifiques – qui a été très suivi avant d’être supprimé pour d’obscures raisons [puis republié ici] et nous avons appris par la suite que ça avait été la même chose pour l’étude indienne », poursuit-il. Tout en contestant le « raisonnement selon lequel les séquences courtes ne montrent aucun lien probant entre les génomes » du VIH et du SARS-CoV-2 car « les nombreuses régions observées sont côte à côte sur le génome, ce n’est pas la nature qui peut faire ça, on est sûrs qu’il y a eu une manipulation humaine ».

        1. Bonjour Bruno,

          Le professeur Montagnier et ses acolytes ont en effet l’air très convaincus de ce qu’ils disent, mais cela n’implique pas qu’ils aient raison, s’ils ne peuvent pas apporter d’éléments objectif à leurs conclusions, autres que « nous sommes sûrs qu’il y a eu manipulation ».

          Je vous remercie d’avoir partagé votre source, voici un extrait qui vient juste après ceux que vous avez cités ici :
          « Mais ceux-ci sont clairement contredits par les dernières recherches sur le Covid-19 comme le confirme à 20 Minutes Monsef Benkirane, chercheur au CNRS et directeur de l’Institut de génétique humaine : « Non, le génome du coronavirus ne contient absolument pas de séquence du VIH. Deux articles publiés, l’un dans la revue Nature, l’autre dans Cell, ont infirmé la possibilité que SARS-Cov-2 ait été conçu dans un laboratoire. Cette affirmation n’a aucun sens biologique et est complètement fausse. » Un autre chercheur spécialiste du sujet abonde : « Cette histoire de séquence du VIH est complètement erronée et a fait hurler la communauté scientifique. »
          L’hypothèse selon laquelle le Covid-19 aurait été créé dans un laboratoire de Wuhan – soit volontairement soit par accident – n’est pas nouvelle. Comme nous l’expliquions fin janvier, cette théorie circulait déjà sur les réseaux sociaux sans qu’aucun élément concret n’aille en ce sens. Et elle a connu un regain de visibilité ces derniers jours à la faveur de différents articles indiquant que les services de renseignement américains étudiaient sérieusement cette possibilité parmi d’autres, bien qu’aucun élément n’accrédite cette hypothèse à ce stade.
          « On connaît très bien les mutations acquises par le virus, à quel niveau elles ont eu lieu et comment elles lui ont permis de franchir la barrière d’espèce. Il n’y a aucun doute sur le fait que ce virus n’a pas été fabriqué en laboratoire », explique Monsef Benkirane à propos du SARS-CoV-2, dont le génome est constitué d’ARN, un acide nucléique. »

          Je pense au contraire qu’il faut voir dans cette publication précipitée un manque de rigueur scientifique, puisque toute étude dont les résultats ne sont pas reproductibles est considérée comme non valable, quel que soit son auteur et le domaine qu’elle concerne.

          Je ne pense pas que vous ayez besoin de moi pour vous informer correctement, mais je vous partage tout de même cet article de france info : https://mobile.francetvinfo.fr/sante/maladie/coronavirus/une-etude-a-t-elle-prouve-que-le-coronavirus-etait-une-creation-humaine-comme-laffirme-un-francais-prix-nobel-de-medecine_3921201.html?fbclid=IwAR01mju0SrGkip83JZW6dvYdqD4kpdBLXsZxpjaQbc70zVW_36Vt4DT83vc#xtref=https://mobile-francetvinfo-fr.cdn.ampproject.org/v/s/mobile.francetvinfo.fr/vrai-ou-fake.amp?amp_js_v=a3$amp_gsa=1$usqp=mq331AQFKAGwASA%3D

          1. Merci Juliette pour ce texte, j’avais lu la réponse de Monsef Benkirane.
            Par contre votre dernier lien est celui d’un article sur une autre étude, l’étude indienne.
            Cordialement.

          2. Oui en effet, mais je trouvais cela intéressant d’avoir un avis sur cette étude qui a inspiré les autres également. Bonne soirée !

  11. Avez-vous comparé les séquences VIH 1 et 2 avec d’autres membres de la famille des coronavirus ? Ce serait intéressant d’observer que les faibles similitudes sont aussi présentes dans la séquence des polymerases des autres virus dont personne ne remets en cause leur caractère naturel. Ça prouverait bien que celui-ci n’a rien de spécialement ressemblant au VIH comparé à ses cousins.

    1. Salut Marie-Charlotte ! 🙂

      Très bonne question. J’utilise les séquences suivantes pour les aligner :
      – gag-pol fusion polyprotein [Human immunodeficiency virus 2] : https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/NP_663784.1?report=fasta
      – SARS-CoV-2 : https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/1798174254
      – SARS-CoV : https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/AY274119.3

      Je vois que cette séquence en particulier est fortement conservée entre le SARS-CoV et le SARS-CoV-2.
      On retrouve l’alignement HIV2 qui était de 24% d’identité pour le SARS-CoV-2 à 23% d’identité pour le SARS-CoV (voir image ci-dessous).

      https://bioweb.blog/wp-content/uploads/2020/04/align-hiv2-sars-sars2.jpg

    1. Bonjour, déjà fin janvier, cet article (détaillé) : https://massivesci.com/notes/wuhan-coronavirus-ncov-sars-mers-hiv-human-immunodeficiency-virus/ expliquait que les séquences VIH trouvées dans SARS-CoV-2 étaient aussi présentes dans les autres coronavirus. Ce lien est donné par l’article du monde : https://www.lemonde.fr/les-decodeurs/article/2020/04/17/le-coronavirus-fabrique-a-partir-du-virus-du-sida-la-these-tres-contestee-du-pr-luc-montagnier_6036972_4355770.html
      Montagnier ne pouvait ignorer ces résultats, ce qui rend sa sortie d’autant plus incohérente.

  12. Bonjour,
    Probability plot pourrait peut etre donner une image encore plus forte de vos observations. Merci pour votre champ d investigation!

    1. Bonjour !
      C’est vrai que cela pourrait être un plus. Je ne me suis toutefois pas penché sur cette représentation qui pourrait être encore plus ardue à comprendre pour des non-initiés. 🙂

  13. Horreur, une coquille : « que c’est alignement »
    « cet » je suppose
    😉

    PS : Ce « commentaire » n’aspire pas à perdurer.

  14. En résumé, et comme on a pu le lire par ailleurs, on aura comparé des livres de quelques 30 000 signes et on s’étonnera d’y avoir trouvé des similitudes. Les séquences de bases ont un sens, un peu comme nos mots. Ainsi, on ne s’étonnera pas de trouver le mot « être » dans deux livres différents. Si en plus les deux livres traitent du même sujet (ce sont des virus à ARN), on pourra même trouver des mots moins courants ou plus complexe en commun, comme « topinambour » voire « fusion thermonucléaire ».

  15. Bonjour,
    Ma question est: quel est alors le rôle et l intérêt que peut avoir un professeur qui a été prix Nobel de faire du buzz ?
    Pourrait-il lui avoir un intérêt ? Générer un vent de panique (ou pas..) ne serait pas de son intérêt en tant que scientifique.
    Je ne suis pas un scientifique, donc je n ai aucun moyen de juger de la pertinence ou non qui dépasse clairement mes compétences mais je m interroge.
    Merci

    1. Bonjour. 🙂
      Si j’étais mauvaise langue, je dirais que son intérêt, il l’a donné à haute voix sur CNews : il a besoin de financement pour continuer les travaux qu’il fait.
      Mais en réalité, je ne pense pas qu’il veuille quoi que ce soit. Je pense qu’il croit réellement à ce qu’il a dit, peut-être abusé par certains papiers depuis rétractés.

      1. Bonjour, j’avais posté (par erreur en réponse à Terrazzoni) :
        Déjà fin janvier, cet article : https://massivesci.com/notes/wuhan-coronavirus-ncov-sars-mers-hiv-human-immunodeficiency-virus/ expliquait que les séquences VIH trouvées dans SARS-CoV-2 étaient aussi présentes dans les autres coronavirus (lien donné par Le Monde).
        Pierre, avez-vous pris connaissance de cet article ?
        Montagnier ne peut pas ignorer que les séquences VIH trouvées sont aussi présentes dans d’autres virus (comme vous l’avez fort bien démontré). Quel est votre avis ?

        D’autre part le Dr Guillaume, en parlant du Pr Montagnier : « il a réalisé 88 séquençages de génomes et a trouvé la séquence du VIH 87 fois ». Pourriez vous nous dire, Pierre, comment interpréter cette phrase ?

        1. Je n’ai pas pris connaissance de cet article non. J’ai préféré vérifier par moi-même la présence des séquences. 🙂
          Je ne sais pas comment interpréter cette phrase. Toutefois s’il a reséquencé 88 fois le génome du SARS-CoV-2 et qu’il a vu à chaque fois les quelques dizaines des nucléotides en commun… Ma foi, je ne vois pas ce que cela a de surprenant.

  16. Bonjour, article intéressant et effort de vulgarisation à souligner.

    Je vous suggère cependant de changer le titre de l’article. Je suis tombée dessus sur Facebook, via « Matière Grise – RTBF » qui l’a partagé, avec titre méta-descriptif : « Le SARS-CoV-2 contient des séquences du VIH ».

    Beaucoup d’internautes s’arrêtent là, au titre, et l’intox se propage …

    1. Bonjour Jordane,

      En effet, je l’avais initialement fait exprès de choisir un titre trompeur et permettant d’avoir les mots VIH et SARS-CoV-2 dans la miniature Facebook. Le fait est qu’avec ce titre « putaclic », l’information s’est propagée de façon monumentale sur les réseaux et je pense que l’article a atteint un nombre considérable de personnes sur les réseaux sociaux, bien plus que si le titre avait été plus honnête. J’ai finalement mis « débunk » dans le titre de l’article ici pour être clair, dès que la personne a cliqué sur le lien et tous les nouveaux liens postés sur les réseaux sociaux contiennent maintenant le mot « débunk ».

      Je peux voir dans les partages Facebook qu’effectivement, beaucoup de gens s’arrêtent là et partagent directement l’article… Notamment ils l’ont trouvé chez quelqu’un qui n’a pas rédigé d’introduction. Certains prennent la précaution (louable) de rédiger une courte introduction enjoignant à lire l’article.
      Là où vous pensez que cette viralité participe à propager l’intox, je me demande si elle ne participe pas à propager l’info. Je pense que les gens lisent plus les thèses qui soutiennent ce qu’ils veulent croire en général, et j’espère que cet article aura ouvert les yeux de certaines personnes.

      J’entends et je comprends toutefois votre point de vue. Je vais tâcher qu’il s’est bien promené de voir si je peux mettre à jour le titre dans la publication Facebook originale. 🙂

    1. Bonjour. 🙂

      Commençons par le début : « l’article » que vous citez n’a a priori AUCUN lien avec le CERN. Le mot CERN n’est par ailleurs pas trouvable dans l’article parmi les affiliations. Commençons par ce point. Vous partez donc éventuellement d’un prémisse faux en accordant votre confiance par un argument d’autorité qui n’a pas lieu d’être. Pour vérifier vos propos, je viens de contacter le CERN et j’attends leur réponse rapidement, je vous en ferai part sans tarder. Merci de justifier de votre côté vos propos donnant la paternité de cette recherche au CERN.

      Ensuite, plutôt que de croire aveuglément « un mathématicien » ou « mon Bioweb », je vous prie de trouver un commentaire où ce sujet a déjà été abordé, et que vous auriez trouvé avec une simple recherche sur cette même page. On y constate que les 6 séquences nucléotidiques alignées par monsieur Perez en utilisant 6 souches du VIH différentes sont toutes trouvées chez un coronavirus de chauve-souris : https://bioweb.blog/index.php/2020/04/17/le-sars-cov-2-contient-des-sequences-du-vih/#comment-442

      Toutefois, si vous souhaitez accorder votre confiance face au faible niveau de preuve de cet article (car il est faible, quoi que vous puissiez en dire, notamment parce qu’il faut fouiller parmi 6 souches de VIH différentes pour trouver les séquences adéquates alors qu’un coronavirus de la chauve-souris dispose des 6), c’est votre choix et je n’ai rien à redire sur le sujet. 🙂

  17. Bonjour,
    quelques question de débutant (je précise que ces questions sont dénuées de tout sous-entendu, je n’essaie pas de prouver quoi que ce soit, je cherche à approfondir mes connaissance …) :
    – pourquoi s’il s’agit de génomes de virus a ARN les séquences sont en T et non en U ?
    – Pourquoi seul le virus SARS cov présente une queue en polyA ? (la j’imagine que ca a à voir avec le fait que ce n’est pas un rétrovirus, mais je veux bien des précisions.)

    Merci beaucoup pour les réponses et pour le temps consacré à apporter un peu de rationalité dans les débats pas toujours très malins du moment.

    Max

    1. Bonjour Max. 🙂
      Il ne faut pas avoir peur de poser des questions, c’est toujours sain. Je n’interprète pas mal les questions et il ne faut pas hésiter à soulever des points qui semblent étrange car tout le monde peut se tromper et, après tout, on réfléchit ensemble.
      Pour te répondre, les séquences contiennent des T et non des U par convention de marquage, tout simplement. Dans les bases de données qui contiennent les génomes, les uridines sont remplacées par des thymidines afin de faciliter les alignements, voilà tout. 🙂
      Pour ce qui est de la queue poly(A), c’est une très bonne question également. De nombreux virus à ARN en possèdent (dont les coronavirus, tu l’auras compris, voir source 1). Mais le VIH possède également des queues Poly(A) (source 2). La présence de cette séquence sur un ARN dans les cellules eucaryotes permet notamment d’augmenter sa stabilité aux enzymes qui dégradent les ARN dans le cytoplasme.

      1) https://www.researchgate.net/profile/Raoul_De_Groot/publication/308624939_Coronaviridae/links/57e9116808aeb34bc08fa8b0/Coronaviridae.pdf
      2) https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3874655/

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